Dall'inizio dei loro primi contatti il Vecchio e Nuovo Mondo hanno intessuto una storia di relazioni, migrazioni e scambi culturali, in entrambe le direzioni, che hanno contribuito a determinarne le rispettive identità. Come ogni altra manifestazione artistica e culturale, la musica latino-americana è fondamentale espressione di questa storia. Gli studi musicologici di area latino-americana in Europa meritano quindi di trovare uno spazio in ambiti accademici, alla pari di quelli già da tempo avviati nel campo delle letterature iberoamericane presso le università europee. Con questo intendimento, all'inizio degli anni Ottanta, diversi musicologi riuniti a Bruxelles presso la sede dell’Unione Europea si accordarono sulla necessità di fondare in Europa un istituto che potesse attivare una rete di ricerca sulla musicologia americanista.

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Si designò come presidente della nuova entità Francisco Curt Lange, pioniere delle ricerche musicologiche in America, mentre il ruolo di direttore fu affidato ad Annibale Cetrangolo. Lange risiedeva in Uruguay, mentre Cetrangolo stava per trasferirsi in Italia e venne perciò deciso che l'istituzione avesse sede in quest'ultimo paese. In Italia l’idea trovò la decisiva accoglienza di Giovanni Morelli, dell’Università Ca’ Foscari di Venezia, consapevole della lacuna che il nuovo istituto era chiamato a coprire. La costituzione formale dell'IMLA, nel 1984, fu accompagnata da un congresso, che si svolse appunto a Venezia.

Poiché il suo principale obiettivo è stato fin dall’inizio quello di favorire la costruzione di una rete di ricerca e di produzione musicale, negli anni l’Istituto ha siglato convenzioni con diversi atenei europei e latinoamericani, tra cui l' Università Ca' Foscari di Venezia, la Universidad de Valladolid, la Universidade de São Paulo, la Universidad de San Martín (Buenos Aires), la Universidad de la República (Uruguay), l’Ibero-Amerikanisches Institut di Berlino, ecc. Presso le Università che partecipano a questa rete di ricerca, l’IMLA ha promosso convenzioni per l’istituzione di doppie titolature accademiche e ha contribuito ad istituire nuovi corsi inerenti ai suoi campi di ricerca. Grazie ad una convenzione tra l'Istituto e l'Università Ca' Foscari di Venezia, è stata istituita per la prima volta in Italia la cattedra di Storia del Teatro Musicale nei paesi extraeuropei.

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Per promuovere la divulgazione delle musiche oggetto di studio e ricerca, anche al di fuori degli ambiti strettamente accademici attraverso l'attività concertistica e discografica, l’Istituto si è dotato di un braccio musicale, l’Ensemble Albalonga.

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Nel corso della sua esistenza ormai pluridecennale, l’Istituto ha progressivamente ampliato il campo dei suoi interessi, come documentano le tappe della sua attività. Nei primi anni, le ricerche sono gravitate essenzialmente attorno alla produzione musicale del periodo barocco coloniale. Un primo importante risultato in questo campo è rappresentato dalla riscoperta della figura del musicista pratese Domenico Zipoli (1688-1726), e della sua fino ad allora quasi sconosciuta attività in terra argentina (congresso di Prato, 1988). Su questa stessa linea, vanno ricordati gli studi su altri compositori italiani del XVIII secolo collegati in vario modo al contesto iberoamericano, dai veneti Facco e Galluppi, ai pugliesi Jerusalem, Logroscino e Leo.

In occasione del congresso della Società Internazionale di Musicologia (IMS) tenutosi a Roma nel 1992, venne costituito il gruppo di studio RIIA (Rapporti Italo Ibero-Americani), una rete di studiosi appartenenti ad atenei europei e latinomericani per la ricerca sulle migrazioni musicali, focalizzata principalmente sulla disseminazione dell’opera lirica. L’equipe del RIIA, coordinata da Cetrangolo per l’IMLA, è stata accolta tra gli study groups dell’IMS.

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Sono stati così ampliati i confini cronologici della ricerca, che si è focalizzata prevalentemente sul fenomeno delle migrazioni transatlantiche del teatro musicale. Su questa linea, l’IMLA ha promosso e coordinato il progetto di ricerca European Musical Heritage and Migration, Opera in the Rio de la Plata (Argentina-Uruguay, 1870-1920) con il supporto del programma Cultura 2000 dell’Unione Europea, nella cui cornice si sono svolti convegni a Venezia, Vigo e Regensburg (2003).

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Da allora fino al presente, la rete del RIIA coordinata dall’IMLA ha coinvolto docenti e studenti delle diverse università aderenti. Grazie anche ad un sempre più esteso impiego delle risorse informatiche, studenti di diversi paesi sono stati avviati alla ricerca, partecipando al recupero e al salvataggio di preziosi materiali documentali, come i periodici musicali d'epoca. Il gruppo di studio ha altresì alimentato un imponente database comune, basato sullo spoglio di fondi documentali dei rispettivi paesi, che consente di comprendere la reale portata delle migrazioni non solo dei repertori e degli operatori musicali (cantanti, strumentisti e compositori), ma anche di tutti gli operatori teatrali – scenografi, registi, maestranze varie – coinvolti nella circolazione e diffusione del teatro musicale e più in generale delle arti performative, lungo le rotte delle migrazioni transatlantiche. Le più recenti attività di ricerca coordinate dall’Istituto, tra cui le indagini sulla circolazione dell’opera attraverso i grandi fiumi latinoamericani, mostrano una chiara direzione trasversale e pluridisciplinare, che collega le arti musicali e performative alle arti visive della scenografia, all’architettura degli spazi dedicati alla performance, oltre che, come sempre, alla storia e alla sociologia dei fenomeni migratori.